结构EMC设计包括底板、机壳和设备内部走线几种情形。
底板和机壳是为控制设备或功能单元中无用信号通路提供屏蔽的最有效方法，因此电子产品的底板和机壳最好采用金属结构或采用内部镀金属的塑料结构。
结构缝隙必须尽量减少结构的不连续性，以便控制来自底板和机壳进出的泄漏辐射。提高缝隙屏蔽效果的结构措施包括增加缝隙深度、减少缝隙长度，在接合处加导电衬垫，在接缝处涂导电涂料，缩短螺钉间距等措施。
结构开口方向应与磁力线方向一致，如果垂直磁力线方向则会产生切断磁力线，使磁阻增加，屏蔽效果变差。
设备内部走线混乱则对非屏蔽的电子设备来讲，设计的屏蔽、滤波电路、接地措施应不会起到应有的作用。内部走线太乱，不仅传输高、低电平信号之间相互骚扰，也给后期采用屏蔽、滤波、接地等补救措施带来不便。
设备内部走线的基本原则为：
1、机箱内各种裸露走线要尽量短。
2、传输不同电平信号的导线分组捆扎，数字电路和模拟电路信号线应分组捆扎，并保持适当距离，减少导线相互影响。
3、对产品中用来传递信号的扁平电缆，应采用地-信号-地-信号-地排列的方式，这样可以有效抑制骚扰，增强其抗干扰能力。
4、将低频进线和回线绞合在一起，形成双绞线，减少电磁骚扰。
5、对确定的辐射骚扰较大的导线要加屏蔽措施。
6、屏蔽电缆进出屏蔽体必须保证屏蔽层与屏蔽体之间可靠搭接，一般要求360°环接，并提供足够低的搭接阻抗。
7、非屏蔽电缆原则上禁止直接从屏蔽体中出线。特殊情况下允许直接出线，但是要求屏蔽体内侧（或者外侧）电缆的长度不得越过80mm，注意这个尺寸包括PCB上面的走线，如果有滤波电路，指滤波电路与屏蔽体之间的电缆长度。
8、非屏蔽电缆还有一种特殊处理措施就是：用金属丝网将非屏蔽电缆在屏蔽体内部分缠绕变成局部的屏蔽电缆，然后按照屏蔽电缆的方式进行处理。需要注意的是这种方法可能存在工艺性差，作用有限等缺陷。
9、屏蔽电缆还有一种特殊应用场合，有时系统规定其屏蔽层不得与屏蔽体（实际上就是PGND）连接，典型的例子是同轴电缆。这时的屏蔽电缆可以按照非屏蔽电缆处理（在屏蔽体一侧的长度不得超过80mm），或者采用双层屏蔽电缆。
